Pramení východně od Votic a horním toku má název Jankovský potok. Teče převážně k severovýchodu a u obce Libež ústí zleva do Blanice (vlašimské). Její povodí zaujímá plochu 125 km2, celá měří více než 30 km a sjížděný úsek přes 11 km.

Chotýšanka protéká hlubším zalesněným údolím, dno má většinou štěrkovité a zarostlé břehy. Šířka toku se pohybuje od 3 do 6m.